加工區入境貨物的減免稅政策基本是參照保稅區現有政策制定，沒有新的優惠。但有以下幾個方面的區別：

1.在功能上，加工區的功能單一，僅限于產品外銷的加工貿易，但區內或設立少量為加工企業生產提供
服務的倉儲企業以及經 海關 核準專門從事加工區內貨物進出的運輸企業。

2.國內原材料、物料等進入加工區視同出口， 海關 按照以出口貨物的有關規定辦理報關手續，并簽發 出口退稅 報關單 。區外企業憑 報關單 出口退稅 聯及有關憑證向稅務部門辦理出口退（免）稅手續。

3.對加工區運往區外的貨物， 海關 按照對進口貨物的有關規定辦理報關手續，并按制成品征稅。

4.國家對區內加工出口的產品和應稅勞務免征增值稅、消費稅。